اشکال یکم: حوزه فرهنگ و تفکر، حوزه اتوریته و قدرت نیست، بلکه حوزه تفکر، پرسش‌گری، نقد و دیالوگ آزادانه است. در اینکه یک شخصیت سیاسی وارد بحثی فرهنگی شود، اشکالی وجود ندارد. اشکال آنجاست که از اتوریته و قدرت برای جهت دادن به مسیر بحث فکری و فرهنگی که گفت‌وگو و نقد آزادانه از لوازم ذاتی آن است، استفاده شود. حوزه فرهنگ و تفکر از احکامی مغایر با حوزه سیاست و اقتصاد برخوردار است. ورود به ساحت مقدس فرهنگ و تفکر منوط به رعایت ادب و احکام و قواعد خاص آن است. همچنین این اصلی درست و تجربه شده و برخاسته از سرشت حوزه فرهنگ و تفکر است که امور فکری و فرهنگی تابع منطق درونی و خاص خود این حوزه است و به‌هیچ‌وجه نمی‌توان به نحو فرمایشی و با دستور از بالا و تصویب لایحه‌ها و صدور بخشنامه‌ها به حوزه فرهنگ و تفکر جهت بخشید. باید قدرت سیاسی در جهت رفع موانع موجود در حوزه فرهنگ و تفکر، به‌خصوص سیطره نیروها و منطق نظامی و امنیتی بکوشد، تا جامعه به نحو طبیعی در مسیر فرهنگ و تفکر گام بردارد.
اشکال دوم: با این انتقاد کاملاً موافقم. تفکر، فرهنگ و علم اموری از سنخ امور مادی نیستند که بتوانیم با طرح‌های پیشین به تولید آن‌ها بپردازیم. این‌گونه تلقی از سرشت علوم از بدترین سنخ انکار حقیقت (حقیقتی که نه تابع ما و تابع منویات قدرت سیاسی، بلکه تابع خود واقعیات و پدیدارهاست) و نوعی بشری و تولیدی ساختن حقیقت (و نه اعتقاد به وصف انکشافی حقیقت) و از بدترین و آشکارترین نوع اندیشه‌های نیهیلیستی و زمینه‌ساز رشد سکولاریسم و بی‌اعتقادی به‌وجود حقیقت در جامعه و سوق دادن افراد جامعه به اینسو است که این قدرت‌های سیاسی هستند که حقیقت را شکل می‌دهند. این تفکر کاملاً بسترساز رشد نیهیلیسم غربی در جوامع مسلمان است.
اشکال سوم: این بحث از پیچیدگی خاصی برخوردار است و به سهولت نمی‌توان درباره آن داوری کرد. من دیدگاه‌های خود را در این خصوص در چند اصل بیان می‌کنم:
۱. نتایج علوم وپژوهش‌های علمی اموری نسبی نیستند و در علوم «عینیت» وجود دارد.
۲. معنا و مفهوم «عینیت» را نباید در چارچوبی پوزیتیویستی و آمپریستی فهمید. مخالفت با تفسیر پوزیتیویستی و آمپریستی از مفهوم «عینیت» به‌معنای مخالفت با مفهوم عینیت یا اعتقاد به وجود نوعی نسبی‌اندیشی و نسبیت‌گرایی نیست.
۳. علوم جدید آکسیوماتیک (اصل موضوعی)، یعنی مبتنی بر مبانی فرهنگی و متافیزیکی خاصی هستند. بر اساس اصول موضوعه و مبانی متافیزیکی خاص علوم جدید، نتایج پژوهش‌های علمی تابع روش خاص آن‌ها و نه تابعی از ذهنیت سوبژه (فاعل شناسا) خواهد بود.
۴. اگر آکسیوماتیک بودن علوم یعنی مبتنی بودن آن‌ها بر اصول موضوعه و مبانی متافیزیکی خاص را بپذیریم و نتوان برای این علوم ارزش و اعتبار جهان‌شمول قائل شد، آنگاه باید بپذیریم که علوم انسانی اسلامی یا علوم جدید دینی نیز آکسیوماتیک بوده و مبتنی بر مبانی متافیزیکی خاصی هستند. برای این علوم نیز نمی‌توان ارزش و اعتباری کلی و جهان‌شمول قائل شد.
اشکال چهارم: می‌پذیرم که علوم آکسیوماتیک بوده و بر مبادی متافیزیکی خاصی مبتنی هستند، اما تغییر اصول موضوعه و مبادی متافیزیکی علوم که به معنای ظهور عالم جدید و شروع فصل تازه‌ای از کتاب تاریخ حیات بشری و تکوین یک نظام و اپیستمه جدید است، امری بشری نیست. داشتن ادعا برای تغییر نظام اپیستمیک علوم جدید و شروع فصل تازه‌ای از حیات بشر در واقع در حکم ادعای خدایی کردن و تفکری شدیداً سکولار و ضددینی است. اینکه ما بتوانیم با طرح و برنامه پیشین بر اساس هرگونه متافیزیکی از جمله فلسفه به‌اصطلاح اسلامی به تغییر مبانی متافیزیکی علوم جدید بپردزایم از اساس غیرممکن است. همچنین، وصف اسلامیت در ادعاهای تاسیس علوم انسانی اسلامی کاملاً مبهم و ناروشن است.
اشکال پنجم: «علوم جدید» دارای مبادی، غایات، روش و نظام ارزشی خاص منطبق با اپیستمه خود هستند. تعبیر «نقادی و تهذیب و تکمیل علوم انسانیِ غربی» اگر به‌معنای تغییر هر یک از مبادی، غایات، روش و نظام ارزشی خاص علوم جدید باشد، دیگر علوم جدید در معنای خاص خود وجود نخواهد داشت.