سیستم‌های بوروکراتیک و وزارتخانه‌های ما چند مشکل اساسی دارند که سازمان‌های دولتی برآمده از درون این سیستم‌ها نیز از این مشکلات رنج می‌برند. از جمله مهم‌ترین مشکلات وزارتخانه‌ها، کاستی های مدیریتی است که شامل ضعف درکارآیی نیروی انسانی، سیستم‌ها و روش‌های سازمانی و میزان بهره‌گیری از سامانه‌های هوشمند است. بر اساس بررسی‌ها، سازمان‌ها چه تفکیک شوند و چه به‌صورت تجمیعی کار کنند در هر سه موضوع مشکل دارند. برخی کارشناسان سازمان‌های متولی، هدف از تجمیع وزارتخانه‌ها و سازمان‌ها را ادغام، کوچک و سبک‌سازی بیان کرده‌اند و این دیدگاه، خطایی استراتژیک در نادیده‌گرفتن عناصر موثر در بهره‌وری یا ناکارآمدی سازمان‌هاست. بدون توجه به سه عنصر کلی توسعه سازمان‌ها، ما نه تنها با ادغام وزارتخانه‌ها چابک‌سازی نکردیم، بلکه موجد پیچیدگی و عقب‌ماندگی آن‌ها در رسیدن به اهداف برنامه‌های کلان کشوری و حتی فساد سازمانی شدیم. در تفکیک سازمان هم تا زمانی که این عناصر درست دیده نشوند به جز تحمیل هزینه بسیار زیاد به بیت‌المال، ایجاد تعارضات جدی سازمانی و تحمیل این هزینه‌ها به مردم و بنگاه‌های اقتصادی، آن هم در برهه حساس کنونی، نتیجه‌ای نخواهیم گرفت، بنابراین اگر برنامه‌ای در خصوص اصلاح سازمانی در نظر بگیریم باید بدانیم در شرایط حاضر، نیاز سازمان‌های ما به اصلاح بر اساس سه گام عملی است:
- حذف فرایندها و عوامل زائد
- اصلاح فرایندهای معیوب
- افزایش فرایندهای پیشرفته.
گزینه‌های دیگر پیشنهادی کارشناسان عبارت است از:
- مطالعه دقیق فرایندها برای درک نقاط‌ضعف
- جدی‌گرفتن خصوصی‌سازی و تصدی‌زدایی دولت از اقتصاد، تولید و تجارت
- شایسته‌سالاری در انتصاب مدیران به‌عنوان اصلی‌ترین محور توسعه و حرکت سازمان‌ها
- توسعه فوری فن‌آوری‌ها به‌خصوص سامانه‌های هوشمند خدماتی و مدیریتی
- جوان‌گرایی در مدیران با هدف به‌روزرسانی تئوری‌های مدیریتی
- ارزیابی تغییرات و تاثیرات اجتماعی و فرهنگی اصلاح، قبل از اجرا.
با توجه به اینکه لایحه دوفوریتی تفکیک وزارت تعاون،کارورفاه اجتماعی منطبق با شروط قید‌شده نیست و اصولا طرحی با جزئیات تفصیلی که مقصود از تفکیک و روش‌های افزایش بهره‌وری در آن مشخص شده باشد منتشر نشده است، نمی‌توان اطمینانی به پیشبرد برنامه‌های تفکیک یافت. دولت اگر خواهان تفکیک اصولی این وزارتخانه باشد باید مشکلات فرایندی حاصل از ادغام را طی یک پژوهش منسجم و علمی منتشر کند تا کارشناسان درباره آن نظر بدهند. این طرح به‌ویژه باید مسائل چالش‌برانگیزی مثل وضعیت صندوق‌های تامین‌اجتماعی را بعد از تفکیک، تعیین‌تکلیف کند. نکته دیگری که در این طرح باید حتما شفاف‌سازی شود، راهکارهای بهبود فرایندهای تامینی و حمایتی از اقشار آسیب‌پذیر است که در وزارتخانه‌های جدید چه رویکردی به موضوع فقرزدایی وجود خواهد داشت. باید توجه داشت با عنایت به وظایف و مسئولیت‌های مهم هر سه رکن، کار، تعاون و رفاه در وزارتخانه کنونی، در تفکیک نیز اولویت‌بندی‌ها بر اساس اهمیت این بخش‌ها تعریف شود و سیاست‌گذاری‌های دولت نیز مطابق با آن تعیین شده باشد.